<< 장애인고용부담금 손금인정 대법원 판결 2026.3.12.>>

1. 2026.3.12. 에 장애인고용부담금이 손금에 해당된다는 대법원의 판결이 이루어 졌습니다.

① 대법원 2024두30809, 2026.3.12.

   (전심 서울고법 2023누 45325, 2023.12.5., 원고 : 에큐온 저축은행)

② 대법원 2025두35058, 2026.3.12.

   (전심 수원고법 2024누15585, 2025.9.3., 원고 : 에스케이하이닉스 등)

대법원의 판결에서는 장애인고용부담금은 종전 법인세법에서 손금으로 규정되어 있었고 개정된 법인세법에서는 공과금 중 법률위반에 대한 제재의 성격이 있는 경우 손금불산입이라 시행령에 규정되어 있는 바 장애인고용부담금은 법률위반에 대한 제재의 성격에 해당되지 않는 공과금이므로 법인세법상 손금에 해당된다 판결하였음

2. 관련 규정의 개정연혁

1) 구 법인세법(1995.12.29. 개정 전) 제16조 제5호는 “대통령령이 정하는 것 이외의 공과금을 손금불산입 대상으로 규정. 구 법인세법시행령(1995.12.30. 개정 전) 제25조 제1항 각호에서 손금산입이 되는 각종 공과금을 열거하였고 그 중 제32호에서 장애인고용부담금을 손금산입되는 공과금 중 하나로 정하고 있음

2) 법인세법이 1995.12.29. 개정되면서 제16조 제5호는 ”대통령령이 정하는 공과금을 손금불산입대상으로 규정하여 원칙적으로 공과금을 손금에 산입되나 예외적으로 손금불산입대상이 되는 공과금을 대통령령이 정하도록 위임하였음. 1995.12.30. 개정된 법인세법시행령 제25조 제1항은 “법 제16조 제5호에서 대통령령이 정하는 공과금”이라 함은 다음 각 호의 것(특별회비를 제외)을 제외한 공과금을 말한다고 규정하여 실제로는 종전과 마찬가지로 손금산입 대상이 되는 각종 공과금을 열거하는 방식을 취하였고, 그 중 제32호에서 장애인 고용부담금을 손금산입되는 공과금 중 하나로 정하고 있었음

3) 헌법재판소는 공과금은 사업경비의 성격을 띠는 것으로 법인세법상 손금에 산입됨이 원칙인 바 구 법인세법 제16조 제5호는 조세법률주의에 위배된다는 결정(헌법재판소 1997.7.16. 선고 96헌바36 내지 49 전원재판부 결정)을 선고

4) 1997.12.31. 법인세법시행령이 개정되면서 제25조 소정의 손금불산입 대상이 되는 공과금이 “법령에 의하여 의무적으로 납부하는 것이 아닌 것(제1호)”, “법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지∙제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 것(제2호)”으로 변경됨.

5) 법인세법이 1998.12.28. 전부 개정시 제21조 제5호에서 손금불산입 대상인 제세공과금의 유형 중 하나로 “기타 대통령령이 정하는 공과금”을 규정하였고, 1998.12.31. 법인세법시행령이 전부 개정되면서 개정 전 시행령 제25조에 규정되어 있던 공과금의 범위에 관한 규정이 제23조로 이동하여 그대로 규정되었음.

6) 법인세법이 2000.12.29.로 개정되면서 손금불산입 대상인 공과금을 법률에서 직접 규정하도록 상향 입법하여, 법인세법 제21조는 제6호에서 “법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지∙제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금”을 손금에 산입하지 아니한다고 규정하였고, 2010.12.30. 법인세법이 개정되면서 조문의 위치가 제5호로 변경되었음(현재까지 동일)

7) 2018.2.21. 기획재정부의 유권해석

장애인고용촉진 및 직원재활법 제33조 제1항에 따라 고용노동부장관에게 납부하는 장애인고용부담금은 법인세법 제21조 제5호에 따른 공과금에 해당되는 것임. 다만, 동 예규는 회신일 이후 장애인고용부담금을 신고∙납부하여야 하는 분부터 적용하는 것임(법인세제과-145, 2018.2.21.)

8) 상기 6)에 의해 2018.2.21. 이후 장애인고용부담금을 신고∙납부한 경우 기업들은 손금불산입으로 세무조정을 하여 왔음

3. 경정청구

1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) 제1항에 의해 최초신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있음

2) 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 의해 최초의 신고∙결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 감사원법에 의한 심사청구의 결정이나 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때에는 상기 제1항의 기간에도 불구하고 그 사유(후발적 사유라 함)가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있음

4. 본 판결에 대한 경정청구

현재까지 납부한 장애인고용부담금은 전액 경정청구(후발적 사유에 의한 경정청구 포함)로 환급되어야 할 것으로 판단 됨

5, 경정청구 절차시 실무상 유의내용

1) 2025년 세무조정시 장애인고용부담금을 손금산입할 것인 지에 대해 세무대리인과 협의하여 결정: 2024년 법인세법의 개정으로 2025년부터 법제25조 제2호를 개정하여 법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대하여 부과하는 공과금은 손금불산입(제재의 규정을 삭제)이라 규정하였으므로 2025년 장애인고용부담금의 손금해당여부에 대한 판단이 필요함.

2) 담당 관할세무서 법인납세과에 유선으로 상기 대법원판결에 대한 과세관청의 입장을 반드시 확인

3) 가능한 한 빠른 시일에 모든 연도의 장애인고용부담금을 손금불산입한 세무조정을 취소하여 환급청구하는 경정청구를 접수할 건지에 대해 세무대리인과 협의하여 시행